I když mnoho původních lesů je dnes přeměněno v pole a louky, Kypr se stále pyšní velkou biodiverzitou. Roste zde na téměř dva tisíce druhů rostlin, z nichž přibližně stovka je původních (cedr krátkolistý). Ty endemické lze nalézt především v pohořích Troodos a Pentadactylos, v Paphoském lese a na poloostrově Akamas.
Široce rozšířených druhů rostlin je asi 350, nejvýznamnější jsou olivovníky, olše a pivoňky a daří se tu také rohovníku, vavřínu, rozmarýnu a krokusům.
Ve vodních tocích na ostrově a v moři kolem ostrova žije přibližně 190 druhů ryb, ještě více je tu však ptáků (cca 400 druhů), kteří sem každoročně přilétají z Evropy za teplem – mimo turistickou sezónu tak nastává sezóna pozorovatelů ptáků. Nejvýznamnějšími savci jsou na Kypru daňkové a mufloni.
Z 25 druhů ještěrů, kteří zde žijí, je velká část endemická, a proto také přísně chráněná. Pro člověka je na Kypru nebezpečný pouze jeden druh hada, ten však útočí pouze, pokud se cítí ohrožen.

